至于「包种茶」这个名称的由来，则有好几种说法，其一是相传在过去包装材料不发达时，要贩售做好的茶叶，得将茶叶用方形的纸包起出售，而在包种茶区里，青心乌龙种所做出来的茶，不论是品质或商品价值都是一等一，再加上茶区里的茶农昵称青心乌龙种为「种仔」，所以用方形的纸把「种仔」包起来就顺理成章的叫做「包种」。

也有人说包种茶的名称起源于中国福建，因为在福建只要是半发酵茶就叫做乌龙茶，而名称的区别在于茶树种类的不同，如铁观音、本山、佛手、黄金桂、水仙等，用其它品牌做的茶全部叫色种，青心乌龙种在福建可被归类为色种，由于有一些人写字很潦草，有可能把「色」写得很像「包」，所以「包种」茶很可能是「色种」的笔误而来。

第三种说法则因过去在福建武夷山做茶多采单丛采制，这种方法是将每一棵茶树所采下来的茶箐分开来制作，由于每一棵茶所采收的数量很少，经过萎凋揉捻等制造步骤后，进行烘焙时，因为数量少，必须使用各种不同颜色的布，把茶叶分别包好放在焙笼里焙干，久而久之各种不同颜色的布各代表不同品种，这也有可能是包种茶名称的由来。

目前台湾生产包种茶的地方，是台湾最古老的产茶区，由于产茶历史悠久，在这些地区里，不但保留了高超制茶技术，更是茶树品种的宝库，拥有许多珍贵的品种，如武夷、青心大冇、红心乌龙、水仙、佛手、大叶乌龙、青心乌龙、梅占等。包种茶绝大部分以清茶面市，但也有焙成熟茶，焙成熟茶的包种茶，在坪林的茶行一般以「小种」的名称贩售。

在过去交通不好的情况下，茶农做好的包种茶，绝大部份交给中盘商，再由中盘商贩售到各地，茶叶的价格则由中盘商掌控。中盘商会按照茶品的好坏，加上自己的好恶给予价钱，茶叶品级因而形成，包种茶区在同一产季同一品种因制造技术的优劣，差价有时甚至可达十倍，这种特殊的情形是其它茶区所无法见到的。

如果能够清楚了解包种茶的品质，亲自到产区里买茶不但物有所值，甚至可物超所值。因此只要对包种茶多下点功夫，将有很多机会买到又好又便宜的包种茶。