许多玛瑙带有裂纹，如炸裂纹、炸心纹、破裂纹等。炸裂纹和炸心纹是在玛瑙形成过种中因二氧化硅胶体向结晶质过渡时由于收缩速度的差异等因素的变化所引起的。破裂纹是在玛瑙形成之后，由于受到动力作用的影响而产生的。有的玛瑙裂纹从中心向四周放射，有的玛瑙中心有裂纹而外层无裂纹，有的则与此相反。

　　按颜色的差异，可以将玛瑙划分为红玛瑙、锦红玛瑙、蓝玛瑙、紫玛瑙、酱斑玛瑙、金黄玛瑙、胆青玛瑙（鬼面青）、白玛瑙、浆水玛瑙，以及五颜六色混在一起、磨光之后五彩缤纷、犹如彩虹的锦犀玛瑙等。不过对于一些毫无花纹的单色玛瑙，就不能视为玛瑙，而是玉髓。

　　按花纹或纹饰的差异进行划分，则玛瑙的品种更多。如漆黑颜色中带一丝白色的合子玛瑙、黑白或褐红色相间的截子玛瑙（Lace agate）,红色杂色相间、纹细如丝的缠丝玛瑙（Sardonyx）,黑白褐色细密花纹平行相间、颇为素雅的缟状玛瑙（Onyx agate）,花纹如树枝的树枝玛瑙（Dendritic agate），花纹如青苔的苔纹玛瑙（Moss agate），花纹如竹时的竹叶玛瑙，“正视莹白，侧视则若凝血，一物二色”的夹胎玛瑙，质地有云雾状感觉的昙玛瑙（Clouded agate），红色花纹内有粉红色花纹的曲鳝玛瑙，各色条带相间成层（平行层带、同心层带）的带状玛瑙（Banded agate），在条带中含有红色氧化铁片状矿物、闪耀着火红光彩的火玛瑙，中空含水的水胆玛瑙，等等。