为了适应形势，培养茶叶生产和贸易的专业人才，1940年在吴觉农的提议下，得到复旦大学的领导孙寒冰的支持，在重庆复旦创立了中国第一所高等院校的茶叶系，吴觉农自任系主任兼教授。授课的还有经济学家毕相辉，农业化学家王泽农等，培养出一大批茶叶专业技术人才，从此茶叶高等教育不断发展。建国后，安徽农大、浙江农大、四川农大、湖南农大、华南农大等院校均先后设立了茶叶系。

　　抗战中期，特别是太平洋战争爆发后，中国茶叶外销的通路被阻断，吴觉农为了茶叶事业的长远发展。1941年10月到福建成立了我国第一个茶叶研究所，他担任所长，邀请了许多专家、学者，如蒋云生、叶元鼎、朱刚夫、王泽农、叶作舟等展开茶树栽培、机械制造、茶叶化学分析及茶叶贸易史等项研究。为了防止因外贸中断，茶叶无人采摘，以至茶树老化，于是发动茶树