赐李、赵、陈、钱等汉姓。明初，在云南实行军屯、民屯、兴修水利，发展生产。不少汉族进入哈尼族地区，带来了先进的生产工具和生产技术，促进了哈尼族社会的经济发展，使经济结构发生了变化。当时的六诏山“土田多美，稼穑易丰”（乾隆《开化府志》卷九，“风俗种人”条）。14世纪中叶以后，新平、元江、墨江、普洱、镇沅一带的哈尼族逐步向封建地主制经济过渡。明末农民起义军残部李定国，在哈尼族等各族人民的支持下，在云南建立了抗清根据地。清兵进逼云南以后，哈尼族头人龙韬等联合六诏山、哀牢山区哈尼族等各族人民，推举宁州（华宁）土官禄昌贤为首领，于1665年举行了席卷整个滇中南的反清大起义。起义失败后，清政府就此废除六诏山区各土官领地，实行改土归流，分属开化、广西两府，从此结束了哈尼族龙氏在滇东南近500年的统治。哈尼族居民逐渐与其他民族融合，有的则迁至红河南岸哀牢山区。至此，滇东南六诏山区哈尼族基本绝迹。与此同时，清政府在哀牢山区也推行改土归流政策，废除因远罗必甸长官司，属元江州管辖