实行分级管理。根据省政府〔1997〕136号专题会议纪要精神,省级成立福建省海峡两岸农业合作实际区工作领导小组,工作领导小组下设办公室(设在福建省农业厅)。其主要职能是贯彻执行中央和省委、省政府有关实验区工作方针政策,在“两部一办”宏观指导下,制定实验区建设规划、配套政策,筛选合作重点项目,组织协调实验区对外招商,研究解决实验区有关重大问题。福州、漳州实验区建立实验区管理机构,推荐、申报建设项目,承接、安排下达给实验区的项目,统筹管理实验区各项建设。其他各地市县相应成立闽台农业合作管理机构,具体工作由各级农业职能部门牵头运作,有关部门积极配合。
(二)加强基础设施建设,改善投资环境
对“九五”期间实验区示范项目,加紧软硬环境和农田基础设施配套建设,使实验区示范项目,按现代农业目标进行建设。福州、漳州两实验区及各地市要进一步改善投资环境。在硬环境上,要加快项目用地、水、电、路配套设施建设,做好引种隔离区、作物种苗、水产苗种引进繁育中心(或基地)建设及实验区