规渥堆与无菌渥堆期间在物质转化动力上的差异是决定品质风味的关键。前者在微生物及其胞外酶的生化动力下作用于堆温不断升高的渥堆叶内的各种相应底物，如蛋白质、果胶、纤维素、儿茶素以及各种香气先质，使之发生剧烈的酶促反应，使整个渥堆体系的物质代谢的速度和方向有别于无菌渥堆的纯热物理化学作用。此外，还有微生物代谢释放的有机酸及其各种代谢产物，它们一起形成了黑毛茶特有的品质风味，从而使之有别于红茶的“发酵”和黄茶的“闷黄”。这是无菌渥堆条件所不具有的。

微生物专家温琼英教授对黑茶渥堆过程中的微生物进行分离纯化培养，结果表明：参与黑茶渥堆过程的微生物包括假丝酵母菌、黑曲霉菌、细菌等。这些微生物在茶堆中，只要温、湿度适宜，就能大量繁衍，利用茶叶中的碳、氮化合物作为培养基，不断生长发育繁衍后代。一方面，通过微生物的胞外酶分解茶叶中的大分子化合物，作为自身机体的构成部分，另一方面排泄（或称分泌）一些小分子化合物。一吸一吐，使茶叶的内含成分发生巨大的改变，从而形成