至于「包种茶」这个名称的由来，则有好几种说法，其一是相传在过去包装材料不发达时，要贩售做好的茶叶，得将茶叶用方形的纸包起出售，而在包种茶区里，青心乌龙种所做出来的茶，不论是品质或商品价值都是一等一，再加上茶区里的茶农昵称青心乌龙种为「种仔」，所以用方形的纸把「种仔」包起来就顺理成章的叫做「包种」。

也有人说包种茶的名称起源于中国福建，因为在福建只要是半发酵茶就叫做乌龙茶，而名称的区别在于茶树种类的不同，如铁观音、本山、佛手、黄金桂、水仙等，用其它品牌做的茶全部叫色种，青心乌龙种在福建可被归类为色种，由于有一些人写字很潦草，有可能把「色」写得很像「包」，所以「包种」茶很可能是「色种」的笔误而来。

第三种说法则因过去在福建武夷山做茶多采单丛采制，这种方法是将每一棵茶树所采下来的茶箐分开来制作，